Должностная инструкция руководителя организации является одним из основных документов, регулирующих правоотношения между организацией и работником. Традиционно общий вид инструкции руководителя не отличается от всех остальных инструкций, должностная инструкция как документ имеет единую структуру построения, которая рекомендована для работодателей. При этом, следует обратить внимание на то, что на практике функции работника отделяются от его должностных обязанностей. В разделе "Функции работника" перечисляются основные направления деятельности работника, а в разделе "Должностные обязанности работника" определяются конкретные виды работ, выполняемые работником.

Основными отличиями Должностной инструкции руководителя организации являются квалификационные требования к данной должности и его трудовые обязанности.  Требования к квалификации директора предприятия (Генерального директора, Управляющего) определены и закреплены в Квалификационном справочнике руководителей, специалистов и других служащих от 21.08.1998 года. Данные требования носят рекомендательный характер и устанавливаются каждой организацией на ее усмотрение и в частном порядке.

Одной из основных особенностей Должностной инструкции руководителя является порядок его назначения и освобождения от должности. В связи с тем, что как правило это происходит по решению собственников организации, следует отдельно прописать данный порядок как в трудовом договоре, так и в Должностной инструкции руководителя. Также следует дополнительно уточнить возможность совмещения должностей и функций руководителем организации, однако данный вопрос не является обязательным, в связи с чем его можно оставить на усмотрение собственников организации.